福建省熱帶作物科學研究所始創于1961年，其歷史沿革大致可分為：
一．創立至1968年11月
1961年4月，成立福建省熱帶作物科學研究所，直屬福建省農業農村廳，同時建立中共福建省熱帶作物科學研究所委員會，選址漳州市薌城區西側天寶五峰山麓延續至今。
所長（暫無配備）
副所長按時序分別為：
董 芳：1961.04－1962.02 姚慈和：1962.02－1968.11 李雙群：1964.08－1968.11 陳哲人：1965.08－1968.11
書記按時序分別為：
董 芳：1961.04－1962.02 楊 榮：1962.02－1968.11
二．1968年11月至1970年12月停辦
1968年11月，成立福建省熱帶作物科學研究所革委會，1970年12月停辦，改為福建省五峰農場。黨委停止活動。
主任（暫無配備）
副主任按時序分別為：
郭振生：1970.01－1970.03（第一副主任） 李雙群：1968.11－1970.12
三、1975年12月復辦至1978年12月
1975年12月，經福建省革命委員會批準，復辦福建省熱帶作物科學研究所，同時成立所革委會。1972年2月，經批準恢復中共福建省熱帶作物科學研究所委員會。
主任（暫無配備）
副主任按時序分別為：
袁守明：1975.12－1978.12 姚慈和：1976.01－1978.12 陳哲人：1976.01－1978.12
書記按時序分別為：
方華榮：1976.02－1978.01（1978.01－1978.12無正職）。
四、1978年12月以后
1978年12月，撤銷研究所革委會，恢復福建省熱帶作物科學研究所，所黨委延續。
所長按時序分別為：
羅金缽：1983.12－1986.01 何忠春：1988.01－1996.10
高海籌：1996.10－2000.07 張漢榮：2002.07－2015.05
陳振東：2016.02 至今（其中：1978.12－1983.11，1986.01－1987.12，2000.07－2002.07，2015.04－2016.01無正職）
副所長按時序分別為：
吳炳錞：1978.12－1983.12（主持工作） 姚慈和：1978.12－1982.07
陳哲人：1978.12－1980.05 袁守明：1978.12－1980.05 陸慮遠：1983.12－1987.12
何忠春：1986.06－1987.12 胡德友：1988.01－1992.04 高海籌：1990.06－1996.10
莊西卿：1996.10－1999.12 林遠崇：1996.10－1999.12 林景元：1998.04－2000.10
張漢榮：2000.07－2002.07 (主持工作) 馮雪妹(女)2002.05－2005.01
陳振東：2003.01－2015.04，2015.04－2016.01（主持工作） 鄭宴義：2003.06－2013.07
邱小文：2016.01－2016.12 李發林：2016.02 －2020.10 譚善華（2020.07至今）
伊蘭香（2024.07至今）
書記按時序分別為：
羅金缽：1983.12－1986.01 戴明建：1986.03-1996.11 高海籌：1996.11－2000.07
張漢榮：2002.07－2015.05 陳振東：2016.06至今
（其中：1978.12－1983.12；2000.7－2002.6；2015.05－2016.05無正職）
副書記按時序分別為：
吳炳錞：1978.12－1983.12 洪肇煌：1979.12－1983.09 戴明建：1983.12－1986.02
阮孔中：1996.11－1998.04 林德福：1998.04－2000.10
張漢榮：2000.07－2002.07（主持工作） 馮雪妹(女)：2002.05-2005.12
鄭宴義：2004.01－2013.07 楊尚龐：2008.01－2015.02
陳振東：2014.04－2015.04，2015.05－2016.05（主持工作） 林智明（2020.08至今）